Instytut Federalny aktywnie współpracuje z uniwersyteckimi i pozauniwersyteckimi placówkami naukowymi w kraju i zagranicą. Kontakty te rozwijano i pogłębiano podczas realizacji szeregu projektów badawczych. Opierając się na międzynarodowej kooperacji, prace badawcze prowadzone są zarówno przez poszczególne działy instytutu, jak i - przyjmując charakter interdyscyplinarny - przez cały instytut.